Un antigene è una molecola riconosciuta come estranea o potenzialmente pericolosa dal sistema immunitario di un organismo e in grado di indurre una reazione immunitaria specifica, che si manifesta con l'attivazione di particolari cellule, i linfociti T, e/o con la produzione di anticorpi.
Gli antigeni possono essere classificati in endogeni o esogeni, a seconda che abbiano origine autoctone o estranee all'organismo. Questi ultimi penetrano nel corpo sotto forma di batteri, virus, sostanze chimiche, pollini ecc. e sono fagocitati (mangiati e digeriti) da apposite cellule (macrofagi, monociti e granulociti neutrofili).
Questo tipo di riconoscimento permette la prevenzione dell'insorgenza di malattie quando veniamo in contatto con microrganismi patogeni, poiché ne provoca l'eliminazione prima che questi possano moltiplicarsi in modo significativo e dare danno.
È però un riconoscimento che necessita di un contatto precedente con il microrganismo in questione, che può dare malattia, in seguito l'organismo conserverà la memoria dell'infezione e sarà in grado di proteggersi da successive reinfezioni, come nel caso delle malattie infettive dei bambini. Il primo contatto, che determina l'instaurarsi dell'immunità, può però avvenire anche in maniera artificiale, attraverso i vaccini che hanno proprio il compito di esporre il sistema immunitario ad antigeni tipici di alcuni patogeni senza indurre la malattia.
Normalmente il sistema immunitario non permette che vengano sintetizzati anticorpi contro molecole proprie (self); questo controllo è poco efficace nelle malattie autoimmuni, dove si instaurano reazioni immunitarie dirette contro cellule dell'organismo, riconosciute ed identificate come se fossero agenti esterni pericolosi.
Di solito gli antigeni sono di natura proteica o polisaccaridica, ma anche elementi più semplici (metalli, frammenti di DNA ecc.) possono divenire antigenici ed immunogenici combinandosi con le proteine proprie dell'organismo e modificandole.
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