Termine introdotto nel 1866 dal biologo tedesco Ernst Haeckel per descrivere l'insieme dei processi che portano allo sviluppo dell'embrione di un organismo, per mezzo dell'informazione codificata nel patrimonio genetico, dalla cellula uovo fino all'individuo adulto. L'ontogenesi è spesso messa in relazione con la filogenesi, ovvero l'evoluzione propria della specie a cui appartiene il singolo organismo. È molto diffusa la locuzione: "l'ontogenesi ricapitola la filogenesi". Infatti, negli animali superiori, l'ontogenesi riproduce, soprattutto nel periodo pre-natale, perinatale e nelle prime fasi della crescita, la filogenesi, come accade, per alcuni versi, nello sviluppo dell'essere umano.